曾經不重視對水環境監測的力度，沒有建立完整可行的一套體制，缺乏廣泛性，對水質管理的預防措施不明顯，只有出問題了才采取監管，這些都是流域水環境監測過程中遇到的主要的問題。

1、監測體制問題

沒有完善的流域水環境監測體制，導致水環境監測遇到很多問題。水環境監測部門屬于政府機構，但是政府機構中涉及水環境監管的部門比較多，由此出現很多部門同時管理的情況，降低了工作效率。有時在處理問題要受到其他部門的干涉，導致工作難以順利穩定的進行，甚至在出現水環境污染的事件后，相互推卸責任，因此出現了職能不明等情況，這對控制水環境的污染以及出現污染后的治理情況很不利。

2、采樣過程中的技術問題

在樣品采集過程中，采樣斷面與采樣點位的布設、樣品采集頻率與方法的確定、樣品采集后的預處理、樣品裝置容器的選取與洗滌、樣品保存與運輸等技術如果把握不當，就容易出現問題，對樣品的代表性與完整性產生基礎性的影響。例如：在測定含油水域中，為測定水中乳化狀態與溶解性油采樣時，沒有避開漂浮在水表面的油膜。

3、過于統一的標準

沒有結合各個地區的特色出臺相應的管理標準，因為每個地區的監測環境都不相同，而且監測內容差之間的差別也很大，用同一套方法，顯然是不適合的。制定的監測方案只有結合地區的特點，才能解決好不同區域出現的水環境污染問題。而且匱乏的監督評估機制，造成我國按照地方分別管理的水環境監管部門的工作效率極低，并且地方性管理的制度與實際情況脫節，不合乎現狀。所以，由水環境監測部門統一部署就成了一個最佳選擇。

4、分析儀器及試劑的問題

在分析儀器方面，如果儀器的測量范圍不夠大，靈敏性較低，在測量樣品時，其測量準確度就會較低，誤差較大。在試劑方面，如果使用的試劑純度精度達不到要求時或所使用的純水的純度達不到要求，都將會導致配制的試劑存在濃度誤差。例如，高錳酸鉀、鹽酸羥胺、蒸餾水等試劑往往會含有痕量汞，會導致空白偏高，對其凈化處理不當會造成引入誤差。